我恢复了系统之后农业银行网上银行提示我两码已过期

根证书只能下载一次。你应该将证书导出后在重装系统，然后在导入到Internet里头就行。
现在只能是在去办理一次网上银行业务了

需要您本人带上身份证要网点更新一个网银证书，然后再上农行网站下载网银证书。