我公司只有报关单复印件，原件外贸公司已核注

首先，进口货物报关单的核销工作是在付汇之后完成，即报关单项下的货款金额已全部向国外付清后才会到外管局核销的。
如果报关单上的经营单位和收货单位分别是外贸公司和您，那谁都可以付汇（当然前提是您公司有外币帐户）；如果报关单上只有体现外贸公司，那么就只能通过其付汇了。

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你不可以直接用美金付款，因为报关单的经营单位是外贸公司，因此只有通过外贸公司才可以对外支付外汇。