我有一家要开红字发票的，已经认证了，是6月份的，现在去税局会不会过了期限？

不会。
你办的是退货，不是退票，退票要求90天以内。

办理退货的资料：
办理红字发票申请单（增值税发票开票系统开具）
前期购货入账的记账凭证（复印件）
发票的抵扣联（复印件）

如果是正常的退货应该是可以开红字发票的。没有期限限制。因为6月份购进货物时取得增值税专用发票，在当月进行了认证并作抵扣账务处理，那么现在由于某种原因需要退货，可以向你的主管税务机关提出开具红字专用发票的申请。退货不同于开票有误的情形。

专用发票超过90天没办理红字发票就无法开红了，废掉了

超过90天 如果你们两个公司都是在一个城市的，你就可以去办理，你去税务所办理申请，申请单给销售方 销售方开红字