我弟弟现在参加自主招生，但不知是南理工好，还是南航好些？、

关键得看喜欢什么专业？南航的飞行器，自动化，计算机都还不错，工作也好找，但飞行器就业比较单一点。
南理工的化工不错

其实是伯仲间的学校，非要比较的话，大体情况如下：
1、南航的飞行器专业自然是很好的，如果要报南航，这是首要考虑。
2、南理工的国防专业很有实力，但是国防专业的待遇一般。同时南理的化工院的特种能源（也就是烟花技术等）很强
3、两所学校的自动化与计算机都很不错，但单就这两个专业而言，南理稍占优势
4、其实在南理校内最有地位和声誉的是它们的电光院，专业包括：通信工程，电子科学与技术，光电信息工程等，就业率很高
5、南理只有一个校区，虽然比较破旧，但也有优势，交流方便嘛。由于南航有几个新校区，所以它们的教学硬件要好些，住宿条件更人性化

我个人觉得南航好，