我公司购原料三年前估价入库，现在商家发票开来，价格比当时估入价格低，该如何做账，是冲减生产成本？

做一张红字凭证冲减估价的三年前的凭证,再根据收到的发票做一张正确的凭证即可.
三年前估价作凭证: 借:原材料-暂估入账
贷:应付账款-XX单位
销售后结转成本:借:生产成本
贷:原材料
次月做红字凭证: 借:原材料-暂估入账
贷:应付账款-XX单位
结转成本:借:生产成本
贷:原材料
收到发票后:借:原材料
应交税费-应交增值-进项税额 成本结转
贷:银行存款
借:生产成本
贷:原材料