各省\直辖市\特别行政区是由中央的哪个部门负责管理？

实际上是中央委员会或者闭会期间代理其只能的政治局

因为省市区的一把手（书记）二把手（省长，自治区主席，市长）都是中央委员。 中央委员会是中国共产党的核心，中委选举出总书记，政治局，书记处等要职。 而中央委员会闭会期间又中央政治局代理，所以地方大员的任命是这样。政治局常委会讨论，思考，决定，然后下达到地方党委，如果是书记就直接认命。如果是行政一把手则是地方党委通过地方人大通过。

而对这些地方领导人的考察则一般是中央组织部了，但是他们都主要是建议，最终决定权在政治局手上。 现任中组部部长 李源潮、

各省\直辖市\特别行政区的级别和中央各部门是平级的。

各省、直辖市、自治区由党中央国务院直接领导，特别行政区由国务院直接领导！！

党领导一切，不必讨论得过多，各个部门都有“党委”而“党”的路线就是坚决服从中央，中央又听谁的，大家都知道了。
所谓的特别行政区只不过是做给外国人看的，特首还不是中央指派的。

党中央负责地方的党委一把手，
国务院负责个政府主要领导，
个厅局有中央个部委负责，一一对应