旗舰店的含义

旗舰（Flagship）一词指载有舰队或海军中队指挥官并悬有指挥官旗帜的船只，旗舰店一词来自欧美大城市的品牌中心店的名称，其实就是城市中心店或地区中心店，一般是某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店，通常只经营一类比较成系列的产品或某一品牌的产品，比较常见的有化妆品品牌旗舰店、服装品牌旗舰店、眼镜旗舰店、家具品牌旗舰店等，最近经营IT通讯产品的旗舰店也有所增多。旗舰店已经越来越流行，也为应用写作所关注。

http://baike.baidu.com/view/1026.htm

个人理解旗舰店是连锁店旗舰店和总店当然能并存了

旗舰店也可以称概念店 总店是在这个城市做区域管理的

旗舰店是把这个总品牌的最优势的种类及最全的商品推向给消费群体

可以并存

在现代汉语中，旗舰的意义被引申，代指同类中起主导作用的产品，如旗舰店、旗舰品牌。
旗舰店是企业在营销过程中设在某地最高级别的品牌形象展示店，一般来讲就是所处地段极佳、客流极强、销售极好之样板店，是代表某品牌或某大类商品的专卖店或专业店。例如阿玛尼旗舰店就属于服装品牌专卖店，而茂昌眼镜公司旗舰店就属于眼镜品牌专业店。
旗舰店是竞争加剧的市场经济时代的产物，对促进连锁经营、树立品牌形象均大有益处，而且也是企业拓展市场份额的有效手段。