EFS到底如何备份证书？

都是可以打开的.如果本机设置一个证书,再导入一个证书;这两本证书都存在,在mmc的控制台根节点选择--个人--证书,可以看到预期目的为加密文件系统的两本证书.不会相互替换.
如果要打开加密的文件,不需要手动选择那本证书,只要有本证书的私钥与加密文件的公钥相对应就可以打开.

新证书不必导出.只有其他用户需要访问加密文件或更换系统后才需要导出此证书来保证文件的可访问性.

你惨了。不会用efs还是不要用了。破解efs基本不可能，一旦出错。
我敢肯定你操作有误，但是你没有写在这里。你在这里写的操作不会产生这种问题。
我试验了一下。
依次加密了三个文件，分别导出三次证书。（加密一个就导出一次，分别命名为1，2，3 pfx）
我有影子系统，开机自动还原到没有证书的状态（类似于GHOST）。
导入第一个证书，三个文件都可以打开。
重启（GHOST）导入第二个证书，一样三个文件都可以打开。
重启。。。导入。。。

随便导入一个证书，不管是新的还是旧的。三个文件都可以打开。可见根本就没有新证书的说法。这几个证书大小相等，虽然md5显示不同。但是功能是一样的。

如果每次加密都产生新的证书，可证书只有一个，以前加密的不都打不开了？根本就说不通嘛！按照达人的说法是，证书（密钥）只和账号，密码，系统的某些配置（具体指sid，说了你也不懂）有关，跟你加密文件没有关系。如果你能找到原来的sid就可以了，但是是非常难的。
你可以用原来的用户名，密码，sid重新加密文件，就产生了丢失的证书，再用这个打开你的文件。
证书是在第一次使用efs时产生的。

因此是你操作有误。
比如你重装系统，改了帐户，或是改了密码，或是没有导出私钥都会出错而无法打开的。