暂时进口货物遭受损坏，海关如何处理？

补办相关单证，补交税款，办理进口手续。手续齐全后这两台设备就算是你们公司进口的了。
如果，这两台设备属于许可证设备，而你们又无法补出相关单证。那不管国外企业是否接受，你们必须退运出境。为此你们可能需要承担向国外高额赔偿的费用。
不过，如果你们补不出许可证擅自把设备留下的话，那个罚款也绝对是不便宜的。
希望你们那两台设备不是许可证货物，是一半货物的话就补个税而已。也就是你们当初付的保证金没有了而已。

如果确实无法出口，只能按照留购进口处理；

向原进口海关申报，提供所有进口证件，缴纳进口关税和增值税；

另外要再确认一下，设备是不是完全损坏，如果只是部分损坏的话，外观形状和型号之类的还在的话，还是可以退运的。

最简单的办法还是将损坏后的设备以进口时的品名税号按照“暂时进出口”的监管方式申报出境，不需要告诉海关设备损坏。