06年的入党申请书要体现科学发展观吗

可以。
2003年10月召开的中共十六届三中全会提出了科学发展观

科学发展观的概念是在2003年10月召开的中共十六届三中全会提出的,在后面的几年及党的十七大慢慢完善，并逐步普及。

十六届三中全会提出了科学发展观

可以体现.科学发展观是04年就开始提及的