本案应如何处理?为什么?

厂房买卖合同有效，但所有权不发生转移。主张合同无效不成立，但若他已经房屋过户给了丙企业，丙就取的了厂房所有权。那么甲仅能主张违约责任，且不能要求继续履行。

买卖而发生房屋所有权转移的，应当办理所有权转移、变更登记手续，即通常所说的过户登记手续。这里的过户登记是物权变动时具有公示性质的登记。其目的在于向他人展示，标的物所有权已发生转移，若没有进行公示登记，则不发生物权变动的效力，不能对抗善意第三人。最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释》（一）第九条也规定：“法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力，合同标的物所有权及其他物权不转移。”