法律上如何解决乙方经甲方同意后把房子建在甲方院子里数年后的纠纷

不动产的转让必须过户登记，才能产生所有权转移的效果。如果光有合同，你可要求对方依据合同履行过户义务。如果不能，只能追究对方的违约责任。

《物权法》规定，房屋以产权证（最终以登记簿）确认产权，所以，你登记之后才享有该房屋的所有权。
如果是农村房屋，还有涉及到你时候属于本集体经济组织成员的限制等，所以，你说的问题不大，但涉及到的法律规定很多，这些有专门的规定。