文件夹自动隐藏，并生成新的同名应用文件夹

应该是中了autorun.inf的病毒，它会改变文件及文件夹的属性。
而你的移动硬盘里exe文件(就是你说的相同名字的类似快捷方式的文件夹)应该是与属性被改了的文件夹对应的。
解决办法：在“开始”/“运行”输入“cmd”，敲回车，进入命令行环境。
输入移动硬盘所在盘符(假定为H:),敲回车。
输入"dir/a"，敲回车，就可以看到该盘下的所以文件及文件夹，里面应该有“autorun.inf”这个文件，是病毒，应该首先把它删除。
输入"attrib -s -h autorun.inf"，敲回车。
输入"del autorun.inf"，敲回车，即可删掉autorun.inf病毒。
接下来改回复被隐藏的文件夹和文件了。
输入"attrib -s -h 文件夹或文件的名称"，敲回车。注：文件夹或文件的名可以在输入"dir/a"，敲回车后看见。
这样，文件夹或文件的系统属性和隐藏属性都被去掉了，现出它的真身了。
一步一步来就可以恢复全部文件夹和文件了。
而exe文件删掉就是。

很明显的中毒症状，可能是通过USB传播的病毒

那个不是快捷方式
而是可执行文件EXE

中毒了
找个好点的杀毒软件查杀一下吧

任软的AUTORUN防御者可以解决
查杀&恢复别病毒隐藏的文件