工程建设质监机构发现施工现场有严重违法行为应当如何处理？

法律方面暂时对于质检员来说还涉及不到，如果发现真的有严重违法行为，第一步当然应该是让其停工了，针对具体情况上报建管局相应情况。然后让施工单位出整改报告及整改措施！施工现场确切的说基本都存在问题，看质检员对自身责任的大小的！如果不涉及到以后工程主体质量和使用功能的，仅仅是施工现场的不规范，一般不是很严厉的！
另外，还要看本事了

有多严重~

停工,暂扣施工许可证

施工方知道违法行为被揭穿后，应立即停止违法行为，准备应对资料，向建设行政主管部门请求处理，以免问题进一步恶化。
最好请个法律顾问准备应诉。