合同上甲方是某公司北京分公司,最后落款盖章是某公司上海分公司,这样合同有效吗?

无效

最起码说这个合同有缺陷的。如果还有其他的说明的话，我想可以的。如果没有特别说明，那应该是无效的。

最后落款盖章是合同上方的某公司的话，就有效，因为分公司，没有法人资格，他们的商事行为责任，都有总公司承担！

有瑕疵，虽然分公司的责任都由总公司负责，但毕竟合同的甲方与落款不一致，应该纠正。不然问题出后麻烦。