货物运输发票的抵扣时间应是多久？

在 国税发〔2004〕88号 《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》第十条 关于货运发票的抵扣问题 第三款规定：增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。
但在国税发〔2003〕121号《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》的附件二： 运输发票增值税抵扣管理试行办法 第五条规定：纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国税局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
这两个条款在抵扣时间有差异，但是国税发〔2003〕121号文并没有被通知该条款失效或全文失效。在实务中，应参照上述哪个文件规定的条款执行？
已收到国税总局的网上回复
问题号： 82308
提交时间： 2008/12/10
状态： 已回复
问题标题： 货物运输发票的抵扣时间应是多久？
问题内容：……
问题回复： 您好：
您在我们网站上提交的纳税咨询问题收悉，现针对您所提供的信息简要回复如下：
根据“新法优于旧法”的原则，在实际工作中应按《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发〔2004〕88号）第十条的规定，“关于货运发票的抵扣问题 第三款规定：增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。”执行。

上述回复仅供参考。有关具体办理程序方面的事宜请直接向您的主管或所在地税务机关咨询。
欢迎您再次提问。

国家税务总局
2008/12/18

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