我最近早上五点左右老是腰疼把我疼醒,起床后就不疼了,这是为什么?

强烈建议抽血检验，是否强直性脊柱炎。你刚20岁，不可能腰肌劳损。
强直性脊柱炎患者的血清中不存在类风湿因子，而组织相容抗原HLA—B27的阳性率甚高，说明本病完全不同于类风湿性关节炎。故于1963年国际抗风湿联盟将此病定名为强直性脊柱炎。
http://hi.baidu.com/baihuayulu/blog/item/ed1884529c493e090df3e306.html
这是我的博客里针对强直性脊柱炎做的详细介绍，可以看看。

腰肌劳损的特征是腰部姿势不正，腰椎向前弓，骨盆前倾，走路撅屁股。 腰部僵硬，起床的时候最重，活动后逐渐减轻。
腰肌劳损的康复需要一个过程，关键是矫正腰椎的前凸和骨盆前倾。以前通常用倒走的方法，你不妨先试一下。如果倒走有效，建议你穿一双负跟鞋，鞋底是前高后低的，能强制人体重心后移，矫正腰部前凸和骨盆前倾的姿势，和倒走的作用相同，也叫形体训练鞋，穿着它正常行走就相当于倒走，但是更安全，锻炼的总量更大，可以缩短康复时间，效果巩固，样子与正常的鞋接近。大医院的医生都知道，目前来说是最好的，没有任何副作用，也不用吃药，药物的作用只是止痛，但对腰肌劳损的病因不可能有作用。

可能是膀胱经的肾俞穴血气上升了开始好转的现象。