零号机与使徒自爆时，零号机怎么变成了凌波丽的模样

因为他们驾驶的是生物机械，
有一半是由生物构成，所以
人可以通过意念控制它们。
零机号自爆的时候，由于凌波丽
强烈的为所爱牺牲的自我意志，
使得零机号与自己融为一体。

灵魂出窍

侵蚀，学习

看那个变成了凌波丽的零号机，头上有一个圈圈。
这可能表明她升仙了。

丽不是为爱而自我牺牲的，只是她认为自己无所谓，就算她死了还有无数歌她在DUMMY SYSTEM里。但是当她看到那种情形后说了“这是我的心吗？想和碇君在一起？”所以这表明了她的心。EVA不是生物。。。只使用有一定的精神。
还有是绫波，不是凌波

机器要用人的同步率去控制，这要求人与机器必须有相似的方面。所以最后二号机无法运作的原因。至于为什么，可能是作者为了可以描写一下绫波的内心活动，具体自己体会吧，都说了没什么想象空间了