本人在公司一个小卖部做事,因辞职盘点少货,从工资中扣,请问合法吗?

盘点少货了就说明你工作中存在漏洞或者公司方面可以解释为“工作失职、丢失或者损坏公司财物”。这样公司就可以名正言顺的要求你“照价赔偿”了。如果你不向公司主动进行赔偿，那么公司是有权利进行工资中扣除的。
顺便说一句，几乎所有的库管/保管员都会在库存清查盘点的时候出现账实不符的现象。有些是工作中的疏忽，有些是账面没有调整过来。楼主不要急，仔细核对每一笔进销存记录，或许能找出真正的原因来。如果你公司小卖部的销货情况很好，你可以针对短货产品的供应商进行关系建立和客情沟通。只要你差的不是很大，一般的供应商会和你合作，你的那些短货是有办法轻松化解的（这个方法是屡试不爽呀）

不是合法不合法而是合理的