公司股东对新公司的追加投入不到位，如何处理？

实际上你说得问题我不是很明白！我理解得意思是，原有公司股东本来有一家公司，但是准备成立一家新公司。然后原有公司股东A和B约定新公司得注册资金是50万，但是A股东自己擅作主张要追加到300万的注册资金，B股东不想追加到那么多。是这意思吧？
如果是的话很容易处理，按照原有协议A，B股东是只应该出各自规定的比例，现在A股东独自追加那么到300万已经破坏了原有的游戏规则，B股东有理由拒绝可以不继续开新公司。如果有书面的约定，B股东可以要求A股东按照原有协议履行义务。如果B股东还是想继续开新公司的话，可以变更其持股比例的，但是为了和A股东更好合作还是应该进行协商，到底谁出资多少？
针对你的补充问题？很简单，如果实在不能用货币出资还可以用土地产权，固定资产等出资的，并且注册资本可以先注册之后在某个时段缴清就可以了。