操作系统与指令系统有不有关

当然要匹配了。
操作系统的内核中专门有个组件叫HAL（Hardware Abstract Level，硬件抽象层）。这个组件是针对特定CPU架构的，比如针对x86和针对AMD的实现肯定是不一样的。有个这个组件就能屏蔽CPU架构和指令系统的差异了。
比如Windows，他为他所支持的所有CPU都实现了对应的HAL，安装系统时，会根据当时的硬件情况安装相应版本的HAL

操作系统属于软件，而指令系统属于硬件范畴

一般情况下来说。。用不到。
即使有关系也没关系。。