上海个税和四金的计算公式中，加金部分是工资乘以固定的百分比

是指应发工资（包括津贴，补贴什么的）

国家规定职工缴金按职工上年度月平均工资来计算的，每年计算一次，次年12个月都按你上年度月平均工资*相应比例（约18%）来扣缴四金，因此加金的钱不是每个月变动的，一年内是固定的。
你是新进职工，单位按转正后的工资计扣四金是合理的，也是你单位对你的负责，因为你缴的多（工资*18%），但你享受的多，相应的单位缴的钱更多（工资*44.5%）。有的单位尽量给职工少缴金，不缴金。那么你同样给他工作，他就付出的更少，因此有如此负责的单位你该庆幸。