如果我通过QQ邮箱的POP，把代理的网易邮箱邮件彻底删除，那原网易邮箱的邮件会彻底被删除吗？

这个问题要看你在QQ邮箱中设置接受网易邮箱邮件时的设置了。
若选中“在原邮箱中保留邮件备份”，则qq收到邮件后，网易邮箱还有邮件备份；
若选中“在QQ邮箱中删除邮件时，也删除原邮箱中的对应邮件 (新) ”，则此时你在qq邮箱中删除邮件时，网易邮箱中的邮件爱也被删除。

可能会，看你怎么设置了，如果原来设置成接收并删除原邮件在网易里面就没有了，如果设置成接收并保存原邮件就不会删除。

会的，除非你的邮件已经被人拦截并存了下来！