如果有确凿证据抓住一个别国特工在我国境内谋杀别人，怎么处理？

这个问题分开
先假定不是特工身份
那么按照中华人民共和国刑法
第六条 凡在中华人民共和国领域内犯罪的，除法律有特别规定的以外，都适用本法
这也是贯穿刑法的一个基本原则，所以毫无疑问，按刑法办事就可以了
如果他身份是特工的话，那就有可能威胁国家安全了
第一百一十条 有下列间谍行为之一，危害国家安全的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑；情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑： （一）参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的； （二）为敌人指示轰击目标的。
如果又是特工又杀人的话那就两罪并罚了
但因为其身份是外国人，在适用法律时还要通过一些相关的外交程序

你是不是想写小说啊

国家安全部处理 或者外交部出面

如果抓到别国的特工，会教给国家秘密处理。如果他杀公民，那么也会教给国家秘密组织处理，会调查他的身份，目的。。。。。
有些必要的是不会公开处理的。。。