同居六年的妻子回娘家不来,留下两个孩子,我该怎么打办

你们两个之间出现的问题.一个女人不可能无缘无故的不要自己的孩子了.
她为什么走了，这是关键,

赶快找她，和她商量解决的办法，把厉害关系和她讲清楚，她怎么能不要自己的孩子呢？当然了，你也可以和亲友商量一下，争取找到好的解决办法。

最主要是解决你们两个之间出现的问题。已经有两个孩子了，一个女人不可能无缘无故的不要自己的孩子了。她为什么走了，这是关键，把这个原因解决掉才能解决根本问题，否则就算你把她绑回来，她也不会好好和你过日子的呀！

同居六年？还没结婚吗？要不离婚（或说是解除同居关系），要不就协商了。用孩子去感动她。