bacteria are encased in a gel-like protective layer

细菌被装在一个叫做细胞质的凝胶状保护层中。
这个是在形容单细胞生物的形态

细胞质和细胞核，细胞核被细胞质包着

encased in 是 装在...里面 的意思

就像钢筋水泥

rebar tie encased in concrete
钢筋被包在水泥里

细菌是装在一个凝胶类保护层被称为细胞质。

装在

细菌被包在一个被称为细胞质的凝胶类保护层。