公司经营场所被收购

你介绍的情况不是很清楚，不敢保证回答的准确。
你们公司与政府之间是否签订了开发合同？合同对违约责任如何约定？如果合同有约定就应按约定办理。
还不知道现在事情发展到什么程度，水域是否还在你们手里？
没有约定的话，如果水域已经被收回彻底无法经营了，你们可以提起诉讼，要求政府赔偿损失。如果水域还没收回，你们可以提起诉讼要求继续履行合同。
现在最重要的是，你们要保全好证据，至少两方面，一是政府违约强行收水域的证据，二是你们损失的证据。这对你们非常重要！

如果你与政府之间有合同，现在回头阅读期限未到，政府强制收回属于违约，必须承担违约赔偿责任，最好是持合同为证据，到法院起诉当地政府合同违约，要求法院判决政府赔偿你的损失，估计当地法院一审，你会败诉，所以重点放在一审判决以后的上诉，二审判决上