钠离子和氦原子的化学性质不同是为什么？

主要是二者原子结构不同。
钠原子最外层是一个电子，失去一个电子很容易，一次表现出很强的金属性。
氦原子的最外层达到稳定结构（最外层填满）。所以很稳定，既不失去电子，也不得到电子，为惰性。

性质不同当然是因为它们是两种不同的化学元素，既然是两种元素当然就有不同的结构，这还涉及物理方面的问题，要从原子结构方面去解释，你问问物理老师吧！