请问我们是事业编制，按企业已经办理退休还可以申请人事仲裁吗？

你们是事业编制，能按企业办理退休的可能性不大，因为办理退休事业和企业都不在一个部门办理，事业单位在人事局办理，企业在劳动局办理，而且社保负担工资也是分开的，事业的在机关事业保险办开工资，企业的在企业社保开工资。
如果你们没在企业交保险，肯定企业社保不会负担你们的退休金的。
所以，事业身份和企业身份关键看是否真的有事业编制，每次调资是否都按事业单位调资，每年是否参加事业单位年度考核。

可以.