连云港二位地基都能建房吗？

你的提问有问题，只有地基是不可能有房产证的，不知道你家小巷里的三间房是平房还是根本只是空地？
如果是在平房的基础上翻建二层小楼，那么原则上你需要去当地土管所申请翻建，去建管所申请乡村规划许可证，事实上你一般来说你只要交纳费用也就可以翻建了。
如果是在空地上建楼，根据你的状况，你的申请理由只能是与父母同住，三代同堂，现准备分户特申请宅基地一位。但是原则上农村宅基地的发放不超过135平方米，详情还是要去当地国土管理所咨询，估计没有问题，可以批准。