我的护照上没有香港的出入境记录，从香港入深圳有问题吗？

怎么可能？你如果从中国大陆进入香港必定有香港的出入境记录(即是盖章)，否则无论是香港入境处以及内地的出入境部门都会怀疑你。
又或者你从内地经过香港过境，也必定有香港的出入境记录，所以一旦没有香港的出入境记录，出入境部门必定会怀疑你。

利用护照只能过境香港，要提供第三国的签证已经机票才能过境。

护照？？去香港的话 不是用这个的
要申请 港澳通行证