日本で最も人口が多い都市です。

首先这句话缺少一个主语。 译为 在日本人口最多的城市。

日本で で表示限定的范围
最も 译为 最……
人口が多い 在以要求作为对象的形容词为谓语的句子里，「が」表示形容词的对象。

在日语里 副词基本放在谓语前 私はサッカーが一番好きです。

在日本人口最多的城市。
が主格 强调人口
要是日本で最も人口は30万人です
这个は 就不是强调人口了 强调的是有多少人

日本人口最多的都市是哪里？
怎么会相当于の呢。
が就是助词嘛。
例如：料理がおいしいです。
同这个是一样的用法。

が是在提示小句主语，意为：--是在日本人口最多的城市，主句主语被省略
可以理解为日本で人口が最も多い都市です
人口が最も多い用于修饰：都市

人口が多い 修饰 都市 が这里相当于の