“系”表示“是”这个意思时，本字是不是“是”？

解一个字，首先要明白它的本义，然后才能理解其引申义。
《说文解字》中说：“系，细丝也。……形声，中有会意也。”显然，“系”的本义是“细丝”，引申为“有关系”、“联结”等含义。“系”也有“是”的意思。但在这里，“系”带有“属于”的含义，仍表示有关系的，并不具有“对的”这样的含义。如“子系中山狼”。
又，《说文解字》中说：“是，直也。……从日正。会意。”可见，“是”的本义是“直”，引申为“正确的”、“肯定的”，并再借用于表示肯定的关系词，如“他是男人”等。当它用于关系词并且带有“属于”这样的含义时，“是”与“系”可同义。
至于某些方言（如广东话）中，将“是”念成xì，是普通话发音不准的缘故，并非是将其读成“系”。这是须要特别说明的。

不是，系是有关系的意思，是是对的意思。

不是的。系本身就是判断词。

“系”在古汉语中是判断动词，有表示“是”的肯定含义，但是“系”和“是”肯定不是同源字或者是你说的异形字（同义异形）。有很多方言没有sh这个声母，所以把“是”读成“系”也不足为怪。
至于“系”本身的意义演变，你最好还是查一下古籍词典再做结论。

广东话并非将“是”读作“系”，而是他们直接用“系”来表示判断的意思，简单地说就是直接用“系”代替“是”，况且，“是”在广东话里面的读音是“si”不是“xi”，你所听到广东人说普通话时把“是”读作“xi”，是因为他们习惯；了用“系”来表达“是”的含义。