做收汇核销时 有超过5000美金的差额时可否由境外账户汇入资金进自己的美金账户??

1.核销时：一张水单可以对应多张核销单，或多张水单对应一张核销单，也可以多张水单对应多张核销单。你手里是否有其它还没有核销的水单，可以放在一起金额加一下，如果没有问题可以一起核销的。
2.如果没有与其它一起核销的单子可以“差额核销”。
差额核销需要提供一些审核资料，具体需要那些资料可以咨询当地的外汇管理局。

可以，但你要保证你有足够的额度结汇才行。否则来款只能放到贷核查账户上，而不能作为核销用。