我想了解在我们公司有一条条例:旷工三天或三天以上属于自动离职,我司有权不给自动离职

你的说法前面的正确，后面的错误。
旷工三天或三天以上属于自动离职没有什么异议，但以此扣除以前的劳动收入就违法了。如果他旷工造成直接损失可以要求他赔偿，但不能简单讲起以前在这里劳动的务工费扣发，这样是用不合法的方式处理问题，会使问题复杂。如果他上告到劳动部门，你有理都成为没有理的了。
因此注意处理方法

任何用人单位都不能因为工人旷工而扣发工人的所有工资，但是若因为旷工导致经济损失，可以要求赔偿，不是扣发工资（除旷工日）。工人离开用人单位，不管是什么原因，不管是什么形式，都不能籍以为扣发所有工资之由。与赔偿损失不能相等。

这是你公司的自己的规章制度，只要是不违法国家的法律就可以

属于企业非法立法。

第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反用人单位的规章制度的；

没有