怎么进行核酸序列比对？

来源：百度知道 编辑：UC知道 时间：2024/06/15 22:23:34
老板给我一个测序结果，为TAIL-PCR扩增出的未知基因片段，两侧引物已经找到，中间片段(450bp)在NCBI上比对与水稻基因组（全序列已测出）上完全匹配，但是没有基因的序列号，只有一个这样的编号：ref|NC_008397.1| （如图），点开是物理图谱，不知道什么意思？为什么能完全匹配却不显示基因编号呢，是不是该基因还未命名，但是我如何才能找出这个基因的全长呢？师姐说还要用Tiger比对一下，做一下什么分析我忘了，不知道跟NCBI有什么不同，请高手指教我应该怎么做后面的分析，目标是找出这个基因的全长，谢谢！

容易了,我每天都在做这个

上NCBI的blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=4530
把你的序列拷贝过去,
Database:这个选Refseq RNA,其它参数默认..

你肯定没有选择数据库,是在水稻的全基因组里搜索了,因为NC_008397是chromosome 4的全长序列..

不懂你再call我......

另,在Tiger上的分析还不如NCBI..其实结果是一样的.

上NCBI的blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=4530
把你的序列拷贝过去,
Database:这个选Refseq RNA,其它参数默认..

你肯定没有选择数据库,是在水稻的全基因组里搜索了,因为NC_008397是chromosome 4的全长序列..
另,在Tiger上的分析还不如NCBI..其实结果是一样的.

推荐你用BioX，中国人自己做的，界面简单友好，功能不差

最权威的NCBI使用手册（英文）The NCBI handbook