关闭一个程序后，再启用它时系统会报错“该系统已经在运行，不能启动两个以的进程”

什么程序？有些程序被病毒侵占后，就会出现这种现象，你关闭了该程序，但是病毒并没有关闭，而仍然占据该程序，所以造成改程序无法关闭。
还有就是该程序是不是调用某种插件，而关闭时该插件并没有随着关闭，只是程序设计失误。

那就关一个进程

你的程序有问题...关闭只是最小化或都隐藏..是有托盘的么?

程序没有完全被关闭，可能在桌面的右下角，例如金山词霸、杀毒程序等，或者某些媒体播放器