车祸后双方签了协议书被撞一方的病情加重是否可通过法院向肇事者索要医药费？

可以

因为民事赔偿责任不是经济合同，那种“约定-履行”的因果关系。

而是“过错-损害-赔偿”的因果关系，只要能够证明过错与损害，都要赔偿，无论你们之前是如何约定的。

“交通事故诉讼时效为一年”不一定从事故发生之日算起，也可以从已知损害之日起算起。

交通事故诉讼时效为一年。要有新的证据表明，协议前后的病情关联。