干细胞培育成细胞系会发生变异吗

当然。。。
DNA自主复制过程中就存在变异，只是变异率很低而已。
变异也分几种，如基因突变，染色体变异。。像染色体变异还有4种情况呢
所以你在培育过程中的外界环境影响和它们自身的因素都有导致变异的可能。

理论上当然可能
几率不过比较小
干细胞是一类分化程度很低的细胞