同一基因在不同植物品系为何表达不同

首先，表达量上存在差异是正常的。这就好比人的身高，虽然都是一个物种，但是不同个体之间是存在着差异的。只要您所扩增的基因不是特别保守的看家基因，那么在不同的品种间就可能存在着差异。
如果你想从表观遗传上分析的话，现在一般的方向是两个：DNA甲基化修饰和组蛋白修饰（甲基化和乙酰化）。我觉得DNA甲基化研究比较容易着手。具体的操作我想你可以这样去考虑：假如你只有两个材料，mutant and wild type.那么，你可以通过亚硫酸氢盐测序法或者焦磷酸测序，直接比较两个材料之间cytosine methylation的状态。可以分析启动子，编码区或者其他地方。具体怎么分析楼主可以根据具体材料和参看相关文章。这个是您在有目的基因的前提下采取的方法。
以上是我的一些想法，可能很不成熟。仅供参考。