我的农行卡上显示存在余额，但去ATM上却显示“您的余额不足”？

不会是消磁，消磁的话提款机读不出信息
有可能是你的部分资金被冻结了，所以查到的余额并不是可用余额
有没有办理过基金定投？如果有的话，就是基金公司按你预先设定的日期和金额冻结了部分资金用以购买特定基金
如果没有，请带身份证到柜台查询

你是不是属于异地取款呢？或是跨行取款？这两种取款方式都会扣除手续费的。异地同行取款手续费是1%，50元封顶。跨行取款是1%-2%，异地跨行会更高一点。
回答你补充的问题：不会是消磁的。消磁的话放入ATM机上没有任何反应的。最直接最有效的方法就是带上身份证去柜台里面咨询工作人员。