生物信息学工具求助

我手边有2000多个基因的代号，现要求在给定的数据库里搜索相关代号的基因片段，并且另存为单独的文件。请问有没有合适的工具，可以完成这样的工作？
基因片段格式如下
>AT1G08540 | chr1:2702339-2703338 FORWARD
AGCGGTAAGGCTCTCTGGCATGGAAATAAGCGATCTTACTCTTGAATTGAGCGATTTAAGGTTATCTCTAAAGCTCTTTT
CTTTTCTTTTCTTTTCTGGCTTTTGATCATCTCAACTCTAAAAAAAGTGAATGCTACATGTTTCAAAGCAATTAGTTCAC
AATTAGTTCTTCCGAGTCACCTTGTTATCTGTCCGGAATAAGAAACTTTTTCTAAATCATTATTATGCGATGCAAATGGT
TTCAGCCAAGATATAACAGATGGGATAAACAAATCAGCTAAAGCGGTTCAAGCAGCTGAAGCTGGAATCAAACAGATTGG
AACACTTGCACAGCAGCAAACTCTCTGTAAGCTTCTTCTAAGCTTTTGGATAATCTGTAATAAAAGCTGCTGTTCATGGT
GGCAACAGTTCACACTGGTAAAAAAAAAGCGGAAAATATGATCTGATGATGAACTTGATCTTGTGATTCAGCAATGATTG
AAGAGAGAGCAAATTTACCAGAAATATCACTACAACCTGTTGTGGCTGGTGCAGCCGAAAAGACTTCTCACGCAATCGGC
AGTGCAACCAAGAGACTAATGAACATTATAACCGGAGGAAACAAGGATGAAGATTAGACATTTAGAAGTTTTCACTTGGA
GTGTGTTTTTGGTCCGTCTTTGTTTGAAGGGATTAGTACAAGGTAAAGTCCATTTAGGGAAACAGAGAATCTATGAACAA
GAAGACTTTTTAGTAAAATTTGGTATATTTATGAAACCTGAAGTGTAACTGTGTAAGACACAAAAGAAGAAATAATAACA