每一个应用程序有自己的窗口Z-order吗

z-order是由操作系统管理的（以窗口句柄为元素管理）。
跟应用程序没关系。

TOP-MOST窗口都会在普通的顶层窗口之上所以它单独维护一个Z序链表
所有顶层窗口也单独维护一个Z序链表
顶层窗口内的所有子窗口也为它们单独维护一个Z序链表

这三层是不一样的。首先是子窗口的，它只在父窗口的客户区中，独立于其他的顶层窗口，所以一个窗口要为它自己维护一个Z序。
顶层窗口没什么好说的。
最后是TOP-MOST，它在所有顶层窗口之上，但是系统中也可能有多个TOP-MOST窗口所以也要独立维护一个TOP-MOST的Z序链表。