税务机关是怎么通过发票向商家收取税额的呢

首先领发票是要通过税务机关的，而且规定了你每月只能领多少发票，因为编号是连续的，如果你藏起来的话是不可能的，未用完的发票可以下个月使用。退回的发票也要做冲红注销，少了的发票要么注销要么就是作废，不存在你可以藏起来的可能性。

税务机关当然知道你的营业额，因为无论是普通票还是专用发票都会同过他们要求的某个软件进行开票，所有的资料都会在月末进行抄税，即把你的发票资料都读入税务机关的电脑系统中，作废的发票要上交审核，而更严格的是如果你丢失了发票必须要公示打个电视广告，才能做注销处理。

税务机关凭借你的每月的报税情况，确定的，现在都是自己申报，税务发觉异常，在核查。发现做假，会重罚的。