如果年初库存商品报表显示为负的话年检会有问题吗？

这个跟年检是没有关系的。
所以不会有什么任何问题。

库存商品显示为负的，那肯定有问题的啊，至少他们会叫你说明情况。不过你提供给工商年检用的报表别那么做就是了，年检的时候需要提供资产负债表及损益表，你把资产负债表及损益表做好就是了。

没有问题，可以通过。