农业银行atm机查询余额时它提示我还要输入密码，我输入了，提示错误，这样算不算是两次密码错误？

不会，你查询时和你插卡后输的是两个密码
插卡后输的是叫交易密码
查询时输的是叫查询密码（如果没特地改过的话就应该是你第一次办卡时输的那个密码，如果你之后改过密码的话，那个密码应该改的是你的交易密码，查询密码是不会变的）
查询密码一天连续输错三次就会被锁住，不过它第二天会自动帮你解锁的