本科出身二本二流学校地科专业想地理信息系统考研又不受歧视的学校吗？

楼主的学校与我相似。但我比你幸运的一点是我的本科是地信。
至于受歧视的问题，我想不会有吧。考研拿实力说话，真正有综合才能的人对于歧视，一笑置之吧。
地信考研最好的是武大，但是就我对考研的了解，A区对各方面要求都比较高，而且就我了解我们学校的地科专业所设置的本科课程与我们基础课相近，但专业课上就有很大不同了。楼主如果是师范院校，可以多咨询地信学生。
还有地信考研对数学要求比较高的，但也有不考数学的学校，比如华南师大。