养老保险缴纳比例应该按照应领工资计算吗

你说的是缴费基数不是缴费比例。缴费基数的确应该按照个人的应得收入而不是实得收入来计算。
缴费基数的确定文件是中华人民共和国社会保险法里第十一条： 职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，并记入个人账户。
对于这句话中描述的“本人工资”，在劳动与社会保障部(劳社险中心函[2006]60号) 文件中明确是按照国家统计局1990年发布的文件《关于工资总额组成的规定》(国家统计局令第1号)来统计的。
依据国家统计局有关文件规定，工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额，由计时工资、计件工资、奖金、加班加点工资、特殊情况下支付的工资、津贴和补贴等组成。

按应领计算