海外货运填单有遗漏,单上遗漏货物被物流公司扣留,要高额罚款,我该怎么办?

如果走法律途径，你不占理。
可以通过找到与这家公司熟悉的同行人员，联系对方的高层主管人员，私下进行处理。一般如果你的生意比较稳定，那么把话说清楚，然后抛出一个饼，大部分物流公司并不是非死咬着要你付额外的钱。
但有一个前提，你先绕着弯打听打听，是否这家物流公司因为这件事情已经遭到了罚款或者已经受到海关某种制裁，如果是，那么这一刀大概免不了，不过通过朋友关系方面，应该不会让对方砍的太狠。