使用盗版的Windows server对网站的经营会有什么影响？

这样看你采用的破解方法了，你如果下载别人制作的光盘那就很难说有没有木马了，为了保险起见，你可以用跟我一样的方法。
1.把OEMSLIC写入BIOS，然后刷到BISO里重启机器
2.下载server 08 官方msdn版本的安装
3.在server 08 下导入对应的证书文件即可联机激活。
成不成功就看三点：刷BIOS后进入系统用EVE查看系统ACPI中是否显示SLIC表还有表长字节数，RSDT表也要有OEM信息，然后就是进入BIOS检查各选项正常否，最后就是激活成功。
这样和官方的正版效果一样。

能不能正常升级要看你盗版的本事。
如何防木马要看你肯投多少钱在安全软硬件以及人员上。
用盗版系统的商业用户迟早要面对微软的起诉。
办网站要投入很多精力来维护管理才行。